Antikoagulační léčba je velmi účinná v prevenci recidivy tromboembolické nemoci, avšak je spojena s rizikem krvácení. U pacientů s vysokým rizikem krvácení léčbu omezujeme na 3–6 měsíců, v ostatních případech se rozhodujeme podle odhadu rizika recidivy. Při extenzi léčby máme kromě warfarinu možnost použít přímá orální antikoagulancia, sulodexid, eventuálně kyselinu acetylsalicylovou.
Povrchová žilní trombóza je v poslední době chápána jako součást žilní tromboembolické nemoci. Rizikové faktory se do značné míry překrývají s rizikovými faktory hluboké žilní trombózy. Epidemiologické studie u pacientů s povrchovou žilní trombózou prokázaly dosti vysoký výskyt současné nebo následné hluboké žilní trombózy či plicní embolie. V diagnostice se doporučuje provést ultrazvukové vyšetření povrchových i hlubokých žil obou končetin. Většina autorů se přiklání k doporučení antikoagulační léčby, resp. nízkomolekulárního heparinu či fondaparinuxu. Dávka a doba podávání této medikace závisí na rozsahu nálezu a jeho lokalitě.